A
partire dal XII sec. anche Pisa incominciò ad aspirare a garantirsi
il dominio sulle colline: documenti infatti attestano che gli Arcivescovi
pisani sono da quel periodo attivi nell'acquistare beni in Lari, da aggiungere
a quelli già ricevuti in dono. Le famiglie aristocratiche presenti
nella zona, gli Upezzinghi per primi, si allearono con Pisa accentuando
la disgregazione del territorio lucchese. Pisa però non ebbe mai
il completo dominio sulle colline larigiane: Lucca infatti conservò
il controllo della giurisdizione ecclesiastica, continuando a vantare
antichi diritti di signoria, riconosciuti da numerosi diplomi imperiali
e bolle papali. Questa discrasia tra giurisdizione civile ed ecclesiastica
costrinse Pisa a cercare assetti amministrativi nuovi, capaci di garantire
un maggiore controllo sul territorio (PESCAGLINI). Nel 1230 gli Upezzinghi
(cfr. itinerario E), già alleati, si ribellarono a Pisa e si rifugiarono,
da Mazzagamboli, in Lari, uscendone pochi anni più tardi, solo
dopo aver trattato le condizioni di pace. Nel 1287 gli Upezzinghi tornarono
nuovamente a stabilirvisi in lotta con il governo della Repubblica di
Pisa, che li estromise definitivamente nel 1290.
A cavallo tra '200 e '300, per indebolire il potere nella zona del Vescovo
di Lucca e dell'aristocrazia locale, venne creata la Capitania delle Colline
inferiori, con sede a Lari. Il Capitano di Lari, accompagnato da un notaio,
rimaneva in carica quattro mesi e riceveva, oltre allo stipendio, alloggio
ed ospitalità, un quarto dei proventi delle condanne pecuniarie
ed era obbligato a risiedere nel castello e a non lasciarlo senza autorizzazione
(non poteva neppure mangiare e bere con nessuno). Oltre ad esercitare
funzioni giudiziarie, il Capitano ricopriva anche la carica di comandante
di un presidio militare composto da 200 soldati (nel 1313). Affiancava
il Capitano un Castellano, coadiuvato da un numero congruo di sergenti
e fanti. In caso di guerra il comando militare del presidio militare di
Lari veniva affidato dal Governo centrale al Capitano il quale prendeva
ordini solo dal Podestà di Pisa (TREMOLANTI).
Le spese di alloggio dei capitani gravavano sulla comunità di Lari,
la quale nel 1375 decise di acquistare una casa, con terreno adiacente,
da destinare a dimora del Capitano.
In questi anni settanta del XIV sec. le Colline, il cuore del contado
pisano, vengono scomposte e frazionate in più capitanie. Nacquero
così nove capitanie con sede nei centri fortificati di Lari, Crespina,
Perignano, Fauglia, Usigliano, Casciana, Cevoli, Lorenzana, Santa Luce,
aventi le stesse funzioni della precedente Capitania delle Colline inferiori:
LEVEROTTI legge in questo fatto un ulteriore tentativo di creare all'interno
della giurisdizione territoriale delle pievi della zona delle divisioni
amministrative volte a corrodere e indebolire l'autorità politica
della città di Lucca, qui presente tramite il suo Vescovo, e i
di lui rappresentanti religiosi. Il Vescovo di Lucca - sostiene LEVEROTTI
-, non intenzionato a perdere il controllo sul larigiano, reagì
concedendo la facoltà di battezzare ad alcune nuove sedi di capitania:
il 16 dicembre 1372 fu concesso anche al rettore della chiesa di S. Maria
di Lari tale privilegio. Verso la fine del secolo decimo quarto si verificò
nel pisano un crollo demografico causato dalle pestilenze, dalle scorribande
delle compagnie di ventura, che costrinse i comuni e le capitanie del
contado pisano a fare i conti con le difficili condizioni finanziarie
di gestione delle nuove piccole sedi amministrative.
Pisa fu costretta, proprio in questo particolare momento, a confrontarsi
con Firenze, intenzionata ad impadronirsi dell'importante porto tirrenico.
Ma ormai le strutture militari e politiche della Repubblica di Pisa erano
stremate dal dissesto finanziario: nel 1406 la città cadde in mano
ai Fiorentini.
Nell'Ottobre di quello stesso anno Lari, con atto pubblico, entrò,
insieme a tutti i centri della ex-Repubblica di Pisa, a far parte della
Repubblica di Firenze. Da questo momento in poi, fatti salvi i perio-di
in cui partecipò attivamente ai tentativi di rinascita dell'autonomia
pisana, Lari fu sempre, grazie alla sua posizione centrale, dimora del
delegato di governo (il Vicario) nell'ambito del sistema amministrativo
fiorentino.